Criado pelo então Ministro da Justiça e Interino Bernardo Pereira de Vasconcellos, através do Decreto de 2 de dezembro de 1837, que converteu o Seminário de São Joaquim no único colégio de instrução secundária oficial do país e que deveria servir de modelo ou norma aos demais estabelecimentos já instituídos no Rio de Janeiro. Recebeu este nome em homenagem ao Imperador-Menino. Embora fosse um educandário oficial, o decreto de sua fundação permitia que se cobrasse um honorário dos alunos a título de ensino. No plano de estudos proposto para o Colégio pelo regulamento de 1838, predominavam os estudos literários. Entretanto, a escola deveria ensinar também as línguas latina, grega, francesa e inglesa, retórica e os princípios elementares de geografia, história, filosofia, zoologia, mineralogia, álgebra, geometria e astronomia. O aluno que concluísse o curso secundário recebia o diploma de bacharel em letras, título que garantia a matrícula nas instituições de ensino superior do Império, independentemente da prestação dos exames de preparatórios. A inauguração solene das aulas ocorreu em 25 de março de 1838. Para seu estudo é indispensável a consulta ao Decreto de criação do Colégio Pedro II de 2 de dezembro de 1837 (Ver Referências Documentais). É essencial a leitura do Discurso proferido por ocasião da abertura das aulas do Colégio de D. Pedro II aos 25 de março de 1838 (Ver Referências Documentais). Além desses textos, o Programa de ensino da escola secundária brasileira: 1850-1951 (Ver Referências Documentais) traz os programas do colégio a partir de 1850.